Эта война, похоже, никогда не кончится. — Солдат Сопротивления
Оккупация Альянсом Земли началась в период после окончания Семичасовой войны, через некоторое время после Инцидента в Чёрной Мезе. Бывший администратор «Чёрной Мезы», Уоллес Брин, заставил землян сдаться, чтобы позволить Альянсу окончательно захватить Землю. Затем он был назначен Временным Администратором Земли, в знак своего покровительства.
Последствия
Сразу после оккупации Альянс приступил к извлечению земных ресурсов, что привело к созданию Пустоши во многих местах. Также Альянс создал сеть своих городов, в которых назначали администраторов, выступающих от лица советников Альянса. Все выжившие люди теперь должны были носить одинаковую одежду и не имели право размножаться, а некоторых Альянс забирал для проведения операций, после которых бесчувственные синтеты работали на них. Были созданы подразделения Гражданской обороны, контролирующие обстановку в городах. Некоторые Земные технологии Альянс стал использовать для своих нужд (например, вертолёт-охотник).Сопротивление
Сопротивление — организация, появившаяся после Семичасовой войны и состоящая из людей и вортигонтов. Их основной задачей является восстановление свободы путём свержения правительства Альянса на Земле. Им командуют несколько человек — Айзек Кляйнер, Илай Вэнс, Барни Калхун, Гордон Фримен, Арне Магнуссон и другие. В состав Сопротивления также входят бывшие учёные и охранники Черной Мезы (в частности, вышеупомянутые руководители и Джудит Моссман).Конфликты
Обстрел Рейвенхольма
Когда-то Рейвенхольм был городом, полным беженцев и членов Сопротивления. Долгое время он находился вне поля зрения Альянса, но когда им стало известно о нём, Рейвенхольм был массово обстрелян снарядами с хедкрабами. После этого все население, кроме одного человека, погибло, а весь город заполнили зомби и хедкрабы.Проникновение Аликс в Хранилище
За пять лет до возвращения Гордона Фримена и во время строительства Цитадели Альянсу удалось обнаружить G-Man'а в одном из жилых многоквартирных зданий Карантинной зоны Сити 17. Альянс принял решение взять под оцепление всё здание, быстро построив Хранилище, а после подняв его в воздух. Для защиты G-Man'а требовалась энергия вортигонтов, которых Альянс отлавливал и заключал в подстанции, посылающие энергию через кабеля. В процессе сюжета Half-Life: Alyx Илай Вэнс рассказывает Аликс, что в Хранилище находится некое супероружие, и оно может быть полезно для Сопротивления в борьбе с Альянсом. Девушка решает проникнуть в Хранилище, чтобы узнать, что там находится. На пути к цели она проходит через множество солдат Патруля Альянса, пытающихся её остановить и даже убивает страйдера.Когда она попадает в Хранилище, она открывает клетку с G-Man'ом. Тот показывает Аликс будущее, в котором она плачет над трупом отца в ангаре Белой Рощи, и предлагает ей изменить событие, убив советника и, соответственно, спасти жизнь Илаю. Аликс соглашается, за что G-Man хвалит её, рассказывая, что она в его делах стала важнее Гордона, который не стал выполнять поставленные перед ним требования. В конце он отправляет девушку в стазис для ожидания задания.