Сюжет Half-Life 2: Episode One разворачивается сразу после событий Half-Life 2. Гордон Фримен и Аликс Вэнс вместе с другими гражданами должны выбраться из разрушенного после Восстания Сити 17, однако главной проблемой становится Цитадель, готовая в любой момент взорваться.
Глава 1: Чрезвычайная тревога (англ. Undue Alarm)
Глава начинается с показа стоп-кадра Гордона и Аликс во время взрыва телепорта Уоллеса Брина на вершине Цитадели, во время которого появляются пурпурные вортигонты, спасающие Аликс. Затем появляется G-Man, пытающийся сказать что-то Гордону, однако его прерывают вортигонты, вытаскивающие Фримена из-под его контроля.
Гордон Фримен приходит в сознание под обломками близ Цитадели. Пёс находит и вытаскивает Гордона, давая гравитационную пушку и воссоединяя с Аликс. Она связывается с Илаем Вэнсом и Айзеком Кляйнером, сообщая о том, что она с Псом и Гордоном всё ещё у подножья Цитадели. Кляйнер говорит, что радиоактивное ядро Цитадели вот-вот готово взорваться, уничтожив город, и единственный шанс выбраться — стабилизировать его.
Пёс находит машину для переправки в Цитадель, куда садится пара, а после отправляет её на один из этажей. Под весом машины пол проваливается, отправляя машину на нижние этажи. Проходя по ним, пара встречает сталкеров, не дающих пройти дальше. Гордон убивает их с помощью шаровых мин, взломанных мультиинструментом Аликс, тем самым освобождая проход. Позже пара входит в комнату, в которой советник общался с Уоллесом Брином о его телепортации в мир Альянса. Прослушав запись, Аликс замечает капсулу неизвестного советника, которая подготавливается для эвакуации в безопасное место. Аликс и Гордон начинают осматривать капсулу и в этот момент cоветник применяет мощную телепатическую атаку, заставляя их уйти из комнаты.
Позже Гордон и Аликс находят рабочее конфискационное поле, заряжая гравитационную пушку, что помогает им в сражении с солдатами, которые ещё остались в Цитадели. Они находят лифт, спускаясь прямо к ядру.
Глава 2: Прямое вмешательство (англ. Direct Intervention)
Аликс и Гордон находят ядро Цитадели; девушка замечает, что солдаты специально пытались спровоцировать взрыв. Из-за высокой радиоактивности близ ядра, замедлить реакцию спускается только Гордон, ибо у него есть HEV костюм. Сражаясь с солдатами, Гордон активирует все установки стабилизации и замедляет взрыв Цитадели, выигрывая время. Когда Гордон возвращается к Аликс, она уже взломала сеть Альянса, скопировав данные, которые Альянс пытался передать в свой родной мир посредством взрыва Цитадели. Среди данных было видео Джудит Моссман, в котором она, в Арктике вместе с другими членами Сопротивления, говорит о некоем «проекте», однако внезапно врывается отряд Альянса, прерывая запись.
Дуэт спускается на лифте к перрону, откуда уезжают на поезде-бритве, перевозящем спящих сталкеров в капсулах. Аликс говорит, что уже через пару часов она и Гордон будут за радиусом взрыва, однако поезд внезапно терпит крушение, пробуждая спящих сталкеров, а Гордон теряет сознание.
Глава 3: Обездоленные (англ. Lowlife)
Гордон приходит в сознание под вопли одного из сталкеров, капсула которого зажала Аликс. Гордон с помощью грави-пушки отодвигает капсулу, освобождая подругу. Выйдя из поезда, пара попадает в заброшенные подземелья. Эти места уже давно находятся не под контролем Альянсом, о чём говорят зомби, хедкрабы и муравьиные львы. Именно здесь встречается новый тип зомби — зомбайн — заражённый обыкновенным хедкрабом солдат Патруля Альянса, имеющий при себе гранату, которую может достать для подрыва себя и противника. Аликс и Гордон двигаются по подземельям, сражаясь с муравьиными львами, зомби и хедкрабами, пока в конце-концов не выходят в комнату с лифтом, ведущим на поверхность. Они сражаются с кучей зомби, пока не прибывает лифт, позволяя подняться на поверхность.
Интересные факты
- На одной из стен в гараже можно найти граффити и штрих-код, под которым написаны цифры: 24724. Эти цифры — почтовый индекс города Фримен.
Глава 4: Побег из города (англ. Urban Flight)
Дуэт выходит на поверхность, наблюдая за Цитаделью и руинами города. Айзек Кляйнер смог захватить бринкасты города, на которых теперь транслирует записи, призывающие выживших бежать из города, также вскользь упоминая о отключении подавляющего поля, которое препятствовало размножению людей. Продвигаясь по городу, Аликс и Гордону приходится вступить в бои с солдатами Патруля, муравьиными львами и зомби.
В конце-концов пара приходит к одному из убежищ Сопротивления, где встречают Барни Калхуна. Он им объясняет, что Альянс всеми силами старается задержать выживших, не давая эвакуироваться. Он и его группа планируют взять штурмом железнодорожный вокзал «Техника» для эвакуации, на что Аликс предлагает вместе с Гордоном отвлечь Альянс, давая возможность спокойно пройти группе к поездам. Перед расставанием Барни вручает Гордону монтировку. Пара попадает по крышам в госпиталь, в котором сражаются солдаты Патруля и зомби. Попав на чердак, Гордону приходится с помощью РПГ одолеть штурмовика, а после выйти из госпиталя.
Интересные факты
- В убежище Барни можно увидеть утешающуюся пару.
Глава 5: Выход-17 (англ. Exit 17)
После выхода из госпиталя дуэт встречает Барни, уже готового выводить граждан на эвакуацию.
Гордон и Аликс помогают вывести всех граждан, избавившись от солдат Патруля. После отправки последнего вагона, где также находился и Барни, пара решает сама уехать из города, однако внезапно появляется страйдер, мешающий им. Гордон уничтожает страйдера, а Аликс перепрограммирует командную панель, отправляя один из поездов. В конце пара наблюдает за взрывом Цитадели и вылетающими из неё спасательными капсулами советников. Внезапно взрывная волна догоняет поезд, в последний момент Аликс шепчет имя Гордона.
